Όλοι,
λίγο πολύ, από τα σχολικά μας χρόνια, γνωρίζουμε ότι μέσα στους ζωντανούς
οργανισμούς υπάρχουν μόρια, τα λεγόμενα νουκλεϊκά οξέα, τα οποία μεταφέρουν
γενετικές πληροφορίες και πραγματοποιούν την έκφραση αυτών μέσα στα κύτταρα, προς
σύνθεση πρωτεϊνών ή προς άλλους λειτουργικούς ρόλους. Υπάρχουν δύο είδη νουκλεϊκών
οξέων, το DNA και το RNA. Το πρώτο
αποτελεί για όλους τους οργανισμούς, με εξαίρεση κάποιους ιούς, το «βιβλίο της ζωής»,
το γονιδίωμά τους όπως το λέμε, είναι δηλαδή το μόριο στο οποίο αποθηκεύονται
οι πληροφορίες και μεταφέρονται σχεδόν αναλλοίωτες από γενιά σε γενιά. Το
δεύτερο, αποτελεί για τους περισσότερους οργανισμούς ένα πρόχειρο αντίγραφο του
DNA, το οποίο βοηθάει στην έκφραση των
λειτουργειών των γονιδίων και μετά από λίγο χρόνο καταστρέφεται. Ωστόσο, σε
αντίθεση με όλους τους άλλους οργανισμούς, σε πολλούς ιούς το RNA δεν
αποτελεί απλώς ένα πρόχειρο μόριο, αλλά το γονιδίωμά τους, δηλαδή αυτό
πακετάρεται μέσα στα ιοσωμάτια και μεταδίδεται από ξενιστή σε ξενιστή. ΣΥΝΕΧΕΙΑ ΕΔΩ
Το DNA αποτελείται από τέσσερις αζωτούχες βάσεις, A,T,G,C, οι οποίες έχουν την τάση να ζευγαρώνουν μεταξύ τους με συγκεκριμένο τρόπο, A:T και G:C. Έτσι, όταν δύο τμήματα DNA διαθέτουν αλληλουχίες βάσεων συμπληρωματικές μεταξύ τους, έχουν την τάση να ζευγαρώνουν (υβριδίζονται) αυθόρμητα, υπό κατάλληλες συνθήκες, θερμοκρασίας, pH, κ.ά., ενώ, για να διαχωρισθούν και πάλι, απαιτούν αυξημένη θερμοκρασία. Το ίδιο ισχύει, σε εργαστηριακές συνθήκες, in vitro όπως το λέμε, και για τον υβριδισμό τμημάτων DNA με RNA, όπως και τμημάτων RNA μεταξύ τους. Βεβαίως, στο RNA, η θυμίνη (Τ) αντικαθίσταται από τη χημικά συγγενική της ουρακίλη (U).
Η Αλυσιδωτή Αντίδραση Πολυμεράσης (Polymerase Chain Reaction, PCR) είναι μία τεχνική ανίχνευσης κάποιας συγκεκριμένης αλληλουχίας DNA και κατόπιν ενίσχυσής της, με χρήση του ενζύμου DNA πολυμεράση, που φυσιολογικά χρησιμοποιείται από τα κύτταρα για την αντιγραφή του γενετικού τους υλικού. Δύο μικρά τμήματα DNA, που ονομάζονται εκκινητές, μήκους 18-22 βάσεων, λειτουργούν ως ανιχνευτές (δηλαδή, εντοπίζουν τη συμπληρωματική τους αλληλουχία ανάμεσα σε χιλιάδες άλλες και συνδέονται μαζί της), αλλά και ως «σκαλωσιές» για να συνδεθεί η DNA πολυμεράση και να εκκινήσει την αντιγραφή. Η διαδικασία πραγματοποιείται σε επαναλαμβανόμενους κύκλους, σε καθέναν εκ των οποίων η αλληλουχία-στόχος διπλασιάζεται.
Για την ανίχνευση μορίων RNA, όπως είναι το γονιδίωμα του κοροναϊού, πριν από την πολυμεράση χρησιμοποιείται ένα άλλο ένζυμο, η Αντίστροφη Μεταγραφάση (Reverse Transcriptase, RT), η οποία έχει τη μοναδική ικανότητα να σχηματίζει έναν κλώνο DNA, με μήτρα έναν κλώνο RNA. Αφού επιτελέσει το έργο της, κατόπιν αναλαμβάνει δράση η DNA πολυμεράση, με τον τρόπο που αναφέραμε. Η τεχνική αυτή ονομάζεται RT-PCR και χρησιμοποιείται για την ανίχνευση, μεταξύ άλλων, του κοροναϊού.
Πριν προχωρήσουμε, οφείλουμε να τονίσουμε ότι δεν υπάρχει η απόλυτη διαγνωστική τεχνική, που να έχει μόνο πλεονεκτήματα και καθόλου μειονεκτήματα, γι’ αυτό στην εργαστηριακή πρακτική χρησιμοποιούνται διάφορες μέθοδοι, συνδυαστικά, προκειμένου να εξαχθούν ασφαλή συμπεράσματα ή να τεκμηριωθεί η διάγνωση. Φυσικά, όταν πρόκειται να εξετάσουμε πολλές χιλιάδες δείγματα και υπό μεγάλη πίεση χρόνου, όπως στην περίπτωση της Covid-19, κάτι τέτοιο δεν είναι πρακτικά εφικτό, οπότε εύκολα αντιλαμβάνεται κανείς ότι όποια τεχνική και αν χρησιμοποιηθεί, θα επιδείξει, εκτός από τις αρετές, και τους περιορισμούς της.
Κατά τα πρώτα χρόνια μετά την ανακάλυψή της, ο ίδιος ο εφευρέτης της PCR, ο νομπελίστας Kary Mullis, είχε αμφισβητήσει την αξία της τεχνικής που επινόησε, για τη διάγνωση κάποιων RNA ιών και ιδίως για αυτήν του ιού HIV, που προκαλεί τη νόσο του AIDS, κάτι που και πάλι ο ίδιος αμφισβήτησε. Αν και η κριτική του Mullis ήταν βάσιμη, στην εποχή κατά την οποία την άσκησε, οι αιτιάσεις του δεν ισχύουν πλέον, αφού στο μεταξύ η τεχνολογία των μοριακών τεχνικών ξεπέρασε κατά πολύ το βασικό επίπεδο της PCR που εκείνος ανακάλυψε. Τουναντίον, πολλές φορές μέχρι σήμερα η PCR και οι νεότερες τεχνικές που την έχουν ως βάση, χρησιμοποιήθηκε με μεγάλη επιτυχία για τη διάγνωση ιογενών και βακτηριακών λοιμώξεων. Εντούτοις, η PCR αποτελεί απλώς τεχνική αντιγραφής μίας συγκεκριμένης αλληλουχίας DNA ή RNA και, για να εφαρμοσθεί στη διαγνωστική, θα πρέπει σε κάθε περίπτωση να περνά από νέα ενδελεχή αξιολόγηση. Χωρίς αυτήν την αξιολόγηση, τα αποτελέσματά της δεν έχουν από μόνα τους κάποια εγγενή αξία, όπως πολλοί πιστεύουν.
Πώς όμως αξιολογούμε μια εργαστηριακή μέθοδο; Δύο από τις κυριότερες παραμέτρους που εξετάζουμε, μεταξύ άλλων, είναι η Ευαισθησία και η Ειδικότητα. Μάλιστα, καθεμία από αυτές διακρίνεται σε Αναλυτική και Κλινική. Όμως τι είναι η καθεμία;
Η Ειδικότητα της PCR αναφέρεται στο κατά πόσον ανιχνεύει μόνο το επιθυμητό γενετικό υλικό, στην περίπτωσή μας του κοροναϊού SARS-Cov-2, χωρίς να το συγχέει με κάποιο άλλο, συγγενικού κοροναϊού, ανθρώπινο κ.λπ. (διασταυρούμενη αντίδραση). Όταν η Ειδικότητα μίας εξέτασης είναι χαμηλή, τότε μεταξύ των θετικών αποτελεσμάτων που αποδίδει υπάρχουν και κάποια λανθασμένα, που ονομάζονται ψευδώς θετικά.
Η Αναλυτική Ειδικότητα αναφέρεται σε δείγματα κατασκευασμένα στο εργαστήριο, με διάφορα γενετικά υλικά, ώστε να ελεγχθεί κατά πόσον η εξέταση μπορεί να διακρίνει το ζητούμενο νουκλεϊκό οξύ από άλλα, συγγενικά του ή μη. Η Κλινική Ειδικότητα αναφέρεται στο ίδιο πράγμα, όμως σε πραγματικά κλινικά δείγματα ασθενών. Αν, λοιπόν, εξετάσουμε 100 επιβεβαιωμένα αρνητικά δείγματα, είτε εργαστηριακά, είτε κλινικά, και δώσουν όλα αρνητικό αποτέλεσμα, τότε η Ειδικότητα (Αναλυτική ή Κλινική αντίστοιχα) θα είναι 100%. Αν όμως μόνο τα 90 από αυτά βγουν αρνητικά, τότε η Ειδικότητα πέφτει στο 90% και τα 10 που βγήκαν θετικά αποτελούν ψευδώς θετικά.
Στα πρώτα χρόνια εφαρμογής της PCR, υπήρξαν κάποια προβλήματα σε αυτόν τον τομέα, διότι δεν ήταν εύκολο να επιλέξει κανείς τους κατάλληλους εκκινητές, οι οποίοι να ανιχνεύουν μία αλληλουχία που διαθέτει μόνο ο ιός (ή το βακτήριο κ.λπ.) που αναζητούμε, αλλά κανένας άλλος οργανισμός. Εδώ και μερικές δεκαετίες, ωστόσο, μετά την αλληλούχηση του ανθρώπινου γονιδιώματος και τη συνακόλουθη αλληλούχηση μεγάλου πλήθους άλλων οργανισμών και ιδίως μικροοργανισμών, υπάρχουν εξαιρετικά εργαλεία βιοπληροφορικής, διαθέσιμα σε όλους στο διαδίκτυο, τα οποία δίνουν στους ερευνητές τη δυνατότητα να επιλέξουν μία μοναδική αλληλουχία-στόχο, που δεν υπάρχει σε κανέναν άλλο οργανισμό. Έτσι, καταρχήν η επιλογή των εκκινητών γίνεται πλέον στον υπολογιστή, in silico όπως λέγεται, και κατόπιν επιβεβαιώνεται στο εργαστήριο.
Πράγματι, και η εξέταση για τον κοροναϊό της Covid-19 διαθέτει Ειδικότητα 100%, σε αντίθεση με την παραπληροφόρηση που εδώ και μήνες κυκλοφορεί στο διαδίκτυο και αποπροσανατολίζει την κοινή γνώμη από τα πραγματικά προβλήματα. Αυτό σημαίνει ότι κάθε θετικό αποτέλεσμα ανιχνεύει το RNA του SARS-Cov-2 και κανενός άλλου, επομένως δεν υπάρχουν ψευδώς θετικά αποτελέσματα [1]. (Ή μήπως υπάρχουν; Αυτό θα το αναλύσουμε παρακάτω)…
Νεότερη ενημέρωση: Αφότου γράφηκε το συγκεκριμένο άρθρο, υπέπεσαν στην αντίληψή μου κάποια νεότερα δεδομένα. Συγκριμένα, ανακάλυψα κιτ RT-PCR της βρετανικής εταιρείας GeneXpert Dx, το οποίο δίνει επισήμως την Κλινική Ειδικότητα μόλις στο 95,6% [12]. Αυτό σημαίνει ότι για κάθε 1000 αρνητικά δείγματα που εξετάζονται, τα 44 θα είναι ψευδώς θετικά. Με άλλα λόγια, όταν στην Ελλάδα εξετάζονται 15.000 δείγματα την ημέρα, τα 660 θα είναι ψευδώς θετικά, ακόμα και αν όλοι οι εξεταζόμενοι είναι απολύτως αρνητικοί. Όμως αυτά τα νούμερα υπερβαίνουν τις καθημερινές αναφορές "κρουσμάτων". Δεν γνωρίζουμε ακριβώς εάν στην Ελλάδα χρησιμοποιείται αυτό το τεστ ή το άλλο που αναφέρθηκε παραπάνω, με 100% ειδικότητα. Όπου όμως χρησιμοποιείται ένα τέτοιο τεστ, είναι πιθανότερο ότι τα "κρούσματα" που ανιχνεύει είναι παντελώς ψευδή και οι εξεταζόμενοι δεν έχουν έλθει καν σε επαφή με τον ιό. Αυτό, από μόνο του, βάζει άλλο ένα καρφί στο φέρετρο της αξιοπιστίας της PCR. Γενικά, θεωρείται ότι η PCR δεν είναι κατάλληλη ως εξέταση διαλογής (screening test), όμως και αυτός ο κανόνας καταπατήθηκε βάναυσα στις μέρες μας.
Η Αναλυτική Ευαισθησία της PCR αναφέρεται στη μικρότερη ποσότητα γενετικού υλικού που είναι ικανή να ανιχνεύσει μέσα σε ένα δείγμα στο εργαστήριο, με γνωστή συγκέντρωση του νουκλεϊκού οξέος-στόχου. Αυτό ονομάζεται επίσης και Όριο Ανίχνευσης. Γενικά η PCR και ειδικότερα το τεστ για τον κοροναϊό που μας απασχολεί, έχει τεράστια Αναλυτική Ευαισθησία και αυτό θεωρείται ως ένα από τα μεγαλύτερα πλεονεκτήματά της (ή μήπως αποτελεί μειονέκτημα; Αυτό θα το αναλύσουμε παρακάτω). Αν πάρουμε ένα διάλυμα και προσθέσουμε μία ποσότητα από το RNA του ιού και μετά αρχίσουμε να το αραιώνουμε διαδοχικά με υποδεκαπλάσιες αραιώσεις (1/10, 1/100, 1/1000 κ.ο.κ), η εξέταση θα το ανιχνεύσει μέχρι σχεδόν του σημείου όπου υπάρχει μονοψήφιος αριθμός ιικών γονιδιωμάτων!
Η Κλινική Ευαισθησία της PCR, όμως, είναι κάτι πολύ διαφορετικό. Αναφέρεται στην ικανότητα της εξέτασης να ανιχνεύσει το γονιδίωμα του ιού σε κλινικά δείγματα από όλους τους επιβεβαιωμένους ασθενείς. Η επιβεβαίωση της νόσου γίνεται με κλινικά κριτήρια, σημεία και συμπτώματα της νόσου, αλλά και με άλλες εργαστηριακές τεχνικές που θεωρούνται «χρυσά στάνταρ» για κάθε περίπτωση (για την Covid-19 χρησιμοποιείται η αξονική τομογραφία των πνευμόνων, όπου φαίνονται οι αλλοιώσεις από τη νόσο, και σπανιότερα, δυστυχώς, η μόλυνση κυτταροκαλλιεργειών από δείγμα του υπό εξέταση ασθενή). Μάλιστα, η διάγνωση θα πρέπει να γίνει από ιατρούς που δεν γνωρίζουν εκ των προτέρων το αποτέλεσμα του συγκεκριμένου τεστ, ώστε να μην υπάρχει καμία προκατάληψη ή προϊδεασμός.
Αξίζει να σημειωθεί ότι και αυτός ο ορισμός των επιβεβαιωμένων ασθενών δεν είναι τόσο απόλυτος όσο θα θέλαμε, αλλά είναι, εν πάση περιπτώσει, συνήθως επαρκής. Η βιοϊατρική δεν είναι μηχανολογία και η ζωή είναι περίπλοκο χαοτικό φαινόμενο, πολύ δύσκολο στην πλήρη του κατανόηση.
Μία PCR, λοιπόν, που ανιχνεύει τον ιό σε όλους τους επιβεβαιωμένους ασθενείς λέμε ότι έχει Κλινική Ευαισθησία 100%. Αν όμως εξετάσουμε 100 επιβεβαιωμένους ασθενείς και το τεστ ανιχνεύσει μόνο τους 90, τότε λέμε ότι έχει 90% Κλινική Ευαισθησία, ενώ τα υπόλοιπα 10 αποτελέσματα ονομάζονται ψευδώς αρνητικά.
Φυσικά, όταν γίνει αυτή η αξιολόγηση, με έναν επαρκή αριθμό δειγμάτων, επιβεβαιωμένων ασθενών κ.λπ., από εκεί και ύστερα το τεστ μπορεί να χρησιμοποιηθεί στον καθένα, εφόσον ο κάθε κλινικός ιατρός θα μπορεί πλέον να ερμηνεύσει αξιόπιστα το αποτέλεσμα.
Εδώ έχουμε το πρώτο μεγάλο θέμα με τη συγκεκριμένη PCR για τον κοροναϊό της Covid-19. Στην πραγματικότητα, στο εμπόριο υπάρχουν αρκετές PCR για την Covid-19, καθεμία προϊόν διαφορετικών εργαστηρίων, όμως όλες έχουν παρόμοια περίπου απόδοση. Το τεστ αυτό, λοιπόν, έχει σχεδόν 93% Κλινική Ευαισθησία, όταν το κλινικό δείγμα που χρησιμοποιείται είναι το βρογχικό έκπλυμα. Εντούτοις, αυτό το κλινικό δείγμα είναι πολύ δύσκολο στη λήψη του, απαιτείται να ληφθεί από ειδικό πνευμονολόγο, σε νοσοκομείο, και φυσικά δεν μπορεί να χρησιμοποιηθεί για τον έλεγχο χιλιάδων ανθρώπων στην κοινότητα.
Τα επόμενα καλύτερα κλινικά δείγματα, που χρησιμοποιούνται ευρέως, είναι πτύελα και το ρινικό επίχρισμα, αυτό που όλοι έχουμε δει να παίρνουν με ένθεση ενός βαμβακοφόρου στειλεού (κάτι σαν την μπατονέτα που καθαρίζουμε τα αφτιά μας, όμως με πιο μακρύ στέλεχος) στη μύτη του εξεταζόμενου. Δυστυχώς, όμως, η Κλινική Ευαισθησία του τεστ σε αυτά τα δείγματα είναι μόλις 70%, σύμφωνα με αρκετές έρευνες [2]. Αυτό σημαίνει πρακτικά ότι από τους 100 πραγματικούς μολυσμένους από κοροναϊό οι οποίοι εξετάζονται, οι 30 διαφεύγουν την ανίχνευση και υποτίθεται ότι συνεχίζουν να μεταδίδουν τον ιό ανενόχλητοι (αυτό δεν έχει καταστεί ξεκάθαρο για τις υποκλινικές-ασυμπτωματικές περιπτώσεις και ακόμη διερευνάται). Με άλλα λόγια, η PCR στην πραγματικότητα υποτιμά σημαντικά τους πραγματικούς αριθμούς των μολυσμένων από τον ιό, πράγμα που κανείς από τους επικριτές των χειρισμών της πανδημίας δεν έχει μέχρι τώρα σχολιάσει.
Αυτό δεν οφείλεται σε δυσλειτουργία της PCR, που όπως είπαμε μπορεί να ανιχνεύσει ψύλλο μέσα σε αχυρώνα, αλλά κυρίως σε δυσκολίες και αποτυχίες στη λήψη και στη μεταφορά των δειγμάτων, σε αναστολείς της PCR που υπάρχουν μέσα στο κλινικό δείγμα κ.λπ. Σε άλλες περιπτώσεις, τα ψευδώς αρνητικά οφείλονται σε μεταλλάξεις που υφίσταται ο ιός (οι RNA ιοί μεταλλάσσονται συνήθως ταχύτατα, με κάποιες χτυπητές εξαιρέσεις, όπως οι ιοί της ιλαράς και της πολιομυελίτιδας) μέσα στις περιοχές όπου συνδέονται οι εκκινητές της PCR [3]. Σε ορισμένες μελέτες, εκτιμάται ότι το ποσοστό ψευδώς αρνητικών αποτελεσμάτων από μία και μοναδική εξέταση, φθάνει στο ιλιγγιώδες επίπεδο του 30%-50% [3]. Αν συνυπολογίσει κανείς ότι οι έλεγχοι στον πληθυσμό συνήθως γίνονται μόνο μία φορά στον κάθε εξεταζόμενο, εφόσον αυτός βγει αρνητικός, καταλαβαίνουμε ότι έως και οι μισοί θετικοί διαφεύγουν την ανίχνευση.
Και δεν φθάνει αυτό. Όπως αναφέραμε παραπάνω, για να αξιολογηθεί η Κλινική Ευαισθησία του τεστ, θα πρέπει να εξετάσουμε έναν σημαντικό αριθμό επιβεβαιωμένων ασθενών με Covid-19. Εντούτοις, για τον SARS-Cov-2 παραμένει αδιευκρίνιστο κατά πόσον οποιοδήποτε από τα τεστ που έχει εγκρίνει η αμερικανική FDA έχουν αξιολογηθεί κατ’ αυτόν τον, επιστημονικά ορθό, τρόπο. Μάλιστα, τέτοια αξιολόγηση της Κλινικής Ευαισθησίας των εμπορικών τεστ που κυκλοφορούν δεν έχει γίνει ούτε καν σε ασυμπτωματικούς φορείς του ιού (που θα επιβεβαιώνονταν ως θετικοί με μόλυνση κυτταροκαλλιεργειών από τα κλινικά τους δείγματα) [2].
Όμως κάτι τέτοιο καθιστά καταρχήν το τεστ ακατάλληλο για επιδημιολογική χρήση, αφού διαθέτει χαμηλή αξία αρνητικού αποτελέσματος. Τι ακριβώς αντιμετωπίζουν τα επιδημιολογικά μέτρα, όταν η διάγνωση επάνω στην οποία στηρίζονται έχει τεράστιες τρύπες, από τις οποίες περνάει όχι μόνο ο ιός, αλλά και ολόκληρος ελέφαντας; Αυτά όμως αποτελούν ψιλά γράμματα στην εποχή της μοναδικής επιστημονικής αλήθειας και της δια νόμου απαγόρευσης κάθε αμφισβήτησής της.
Μακάρι, όμως, τα πράγματα να ήταν τόσο απλά και η αξιοπιστία του τεστ να περιοριζόταν μόνο από τη χαμηλή (και αβέβαιη) Κλινική Ευαισθησία του…
Και ερχόμαστε τώρα στον δεύτερο και σημαντικότερο περιορισμό της PCR, που σε κάποιον βαθμό αναιρεί, ή μάλλον περιπλέκει, όσα γράψαμε αμέσως παραπάνω. Με βάση όσα αναφέραμε στην αρχή, εύκολα κατανοεί κανείς ότι η PCR είναι μία ποιοτική και όχι ποσοτική εξέταση. Δηλαδή, μπορεί να μας πληροφορήσει αν το γονιδίωμα του ιού ανιχνεύεται στον εξεταζόμενο, με ένα ΝΑΙ ή ένα ΟΧΙ. Αυτό μπορεί να είναι αρκετά χρήσιμο, όμως δεν είναι επαρκές, ιδίως όταν συζητάμε για χρήση της εξέτασης σε επιδημιολογικό πλαίσιο.
Ένα θετικό αποτέλεσμα μας αποκαλύπτει απλώς την παρουσία του ιικού γονιδιώματος στη ρινοφαρυγγική κοιλότητα του ασθενή. Είναι όμως αυτός ο ιός λειτουργικός; Είναι ικανός να μολύνει άλλους ανθρώπους σε εκείνη τη φάση; Αυτό είναι κάτι που δεν μπορεί να απαντηθεί με μία απλή PCR. Ένα θετικό αποτέλεσμα ποιοτικού (+/-) και όχι ποσοτικού χαρακτήρα μπορεί να ανιχνεύει α) τον ιό που έχει εγκατασταθεί στη ρινική κοιλότητα του ανθρώπου-ξενιστή, αλλά δεν έχει καταφέρει να τον μολύνει, λόγω των μηχανισμών εγγενούς άμυνας του οργανισμού του, β) τον ιό σε έναν ασθενή που έχει μολυνθεί, αλλά ακόμη δεν παρουσιάζει συμπτώματα της νόσου (προ-συμπτωματικός) και γ) θραύσματα του ιικού RNA σε έναν ασθενή που έχει αντιμετωπίσει επιτυχώς τη λοίμωξη και σταδιακά αποβάλλει τον κατεστραμμένο ιό.
Από τις παραπάνω περιπτώσεις, όμως, μόνο η (β) αντιπροσωπεύει έναν μολυσματικό ασθενή και κάποιον κίνδυνο μετάδοσης του ιού, ενώ οι (α) και (γ) αντιπροσωπεύουν περιπτώσεις όπου η παρουσία του ιού δεν έχει κανένα επιδημιολογικό ή κλινικό ενδιαφέρον και, ως εκ τούτου, το θετικό αποτέλεσμα είναι εν πολλοίς παραπλανητικό.
Για αυτόν τον λόγο, έχει επινοηθεί μία νεότερη παραλλαγή της PCR, η λεγόμενη PCR πραγματικού χρόνου (real-time PCR), η οποία μπορεί να γίνει ποσοτική (qPCR) ή έστω ημιποσοτική, επομένως μπορεί να δώσει μία έγκυρη απάντηση στο παραπάνω ερώτημα.
Το ενδιαφέρον είναι ότι η εξέταση PCR για τον κοροναϊό της Covid-19 είναι πράγματι real-time RT-PCR, οπότε μπορεί πράγματι να χρησιμοποιηθεί ως ποσοτική μέθοδος και να διακρίνει τις περιπτώσεις όπου η παρουσία του ιικού RNA αντιπροσωπεύει ενεργό λοίμωξη και κίνδυνο μετάδοσης, από αυτές όπου αντιπροσωπεύει «νεκρό» ιό. Θα έλεγε κανείς ότι, αφού είναι έτσι, τότε όλα πάνε ρολόι. Όμως η πραγματικότητα είναι, δυστυχώς, πολύ διαφορετική.
Συνοψίζοντας, και πριν καταδυθούμε ακόμη πιο βαθιά στην εργαστηριακή αξιολόγηση του συγκεκριμένου τεστ, είπαμε ότι η PCR για την ανίχνευση του κοροναϊού της Covid-19 έχει απόλυτη αναλυτική και κλινική ειδικότητα, οπότε κάθε θετικό αποτέλεσμα σημαίνει την παρουσία μόνο του συγκεκριμένου ιού στον εξεταζόμενο και κανενός άλλου παθογόνου. Έχει χαμηλή (περίπου 70%) κλινική ευαισθησία, πράγμα που περιορίζει σημαντικά την αξία του αρνητικού αποτελέσματος. Έχει, όμως, τεράστια αναλυτική ευαισθησία, δηλαδή μπορεί να ανιχνεύσει μία συγκεκριμένη βελόνα μέσα σε ολόκληρη τη Βενετιά, πράγμα που εντέλει καταλήγει να αποτελεί μειονέκτημα της εξέτασης, καθώς το θετικό αποτέλεσμα μπορεί να αντιπροσωπεύει μη μολυσματικό («νεκρό») ιό. Για τον λόγο αυτόν, έχει αναπτυχθεί η τεχνική της real-time qRT-PCR, που επιτρέπει την ποσοτική ή ημιποσοτική εκτίμηση του ιικού φορτίου εντός του οργανισμού του εξεταζόμενου. Για όσους θέλουν να μάθουν περισσότερα για την τεχνική αυτή, παραπέμπουμε στο εξής βίντεο, που διαθέτει αγγλικούς υπότιτλους (πατήστε το κουμπί CC στο κάτω μέρος του βίντεο).
Περαιτέρω, ένας αδρός τρόπος ημιποσοτικοποίησης του αποτελέσματος, σε βαθμό επαρκή για τις ανάγκες της εργαστηριακής διάγνωσης της επιδημίας, είναι η χρήση του λεγόμενου Cycle Threshold (Ct), κατώφλι ανίχνευσης στα ελληνικά. Για να κατανοήσουμε τι ακριβώς σημαίνει αυτό, θα πρέπει να πούμε ότι η τεχνική της real-time PCR χρησιμοποιεί ειδικές φθορίζουσες χρωστικές, με τρόπο που μαζί με κάθε νέο αντίγραφο του γενετικού υλικού, το οποίο δημιουργεί η εξέταση, απελευθερώνει στο διάλυμα ένα μόριο αυτής της χρωστικής, με αποτέλεσμα η ένταση του έγχρωμου φωτός μέσα στο διάλυμα να έχει πλήρη αντιστοιχία με τον αριθμό των αντιγράφων. Αυτό το φως ανιχνεύεται με ειδικά οπτικά όργανα, τα οποία όμως διαθέτουν ένα κατώτερο όριο ανίχνευσης, δηλαδή δεν μπορούν να δώσουν θετικό αποτέλεσμα, όσο η ποσότητα των αντιγράφων (άρα και της χρωστικής στο διάλυμα) παραμένει κάτω από κάποιο όριο. Έτσι, όσο μικρότερο είναι το Ct, τόσο μεγαλύτερο είναι το ιικό φορτίο (ή αλλιώς η ποσότητα του ιικού RNA) στο αρχικό δείγμα που λάβαμε από τον ασθενή.
Εντούτοις, εάν αφήσεις την τεχνική να κάνει αρκετούς κύκλους, κάποια στιγμή το αποτέλεσμα θα βγει θετικό, ακόμη και αν στο δείγμα μας υπήρχε απειροελάχιστο «νεκρό» RNA του ιού. Το Ct, λοιπόν, είναι ο αριθμός που απαντάει στο ερώτημα «πόσους κύκλους πρέπει να αφήσουμε την τεχνική να δουλέψει, ώστε το θετικό αποτέλεσμα να αντιπροσωπεύει “ζωντανό” και όχι “νεκρό” ιό;»
Όπως αποκαλύπτει πρόσφατο έγκυρο ρεπορτάζ των New York Times, αυτή παράμετρος δεν συμπεριλαμβάνεται ποτέ στα αποτελέσματα που δίδονται στους κλινικούς ιατρούς και στους ασθενείς με Covid-19, μολονότι αποτελεί κρίσιμο παράγοντα, που μπορεί να τους δείξει αν οι ασθενείς είναι ή όχι μολυσματικοί [4]. Όμως, με αυτόν τον τρόπο, οι περισσότεροι που ανιχνεύονται θετικοί είναι πιθανό να μην είναι μολυσματικοί, πράγμα που μπορεί να προκαλέσει διαγνωστική «συμφόρηση», με αποτέλεσμα να μην μπορούν να διακριθούν οι πραγματικά μολυσματικοί, που θα έπρεπε να τεθούν σε καραντίνα [4].
Το αμερικανικό CDC αναφέρει ότι, σύμφωνα με τα δεδομένα που έχει μέχρι στιγμής συλλέξει, οι αποθεραπευθέντες ασθενείς από Covid-19 μπορεί να διατηρούν θραύσματα του ιικού γονιδιώματος στον οργανισμό τους μέχρι και 3 μήνες από τη μόλυνσή τους [5]. Πράγματι, επιστημονική δημοσίευση στην περίφημη επιστημονική επιθεώρηση Lancet αναφέρει ότι το ανοσοποιητικό μπορεί να εξουδετερώσει τον ιό, λύοντας τον φάκελό του ή συσσωματώνοντας τα ιοσωμάτια. Αυτές οι διαδικασίες αποτρέπουν την περαιτέρω μόλυνση, όμως δεν αποκαθαίρουν το ιικό νουκλεϊκό οξύ, το οποίο αποσυντίθεται με αργούς ρυθμούς κατά τη διάρκεια του χρόνου [6].
Είναι όμως πράγματι επιβεβαιωμένο ότι καθ’ όλη αυτήν την περίοδο ανίχνευσης ο ιός είναι νεκρός και ο ασθενής δεν είναι μολυσματικός;
Έρευνα που δημοσιεύθηκε στην επιθεώρηση Emerging Infectious Diseases, την οποία εκδίδει το αμερικανικό CDC, βρήκε 10 ασθενείς που έδιναν θετική PCR για >30 ημέρες μετά την έξοδό τους από το νοσοκομείο. Σύμφωνα μάλιστα με τις οδηγίες του ΠΟΥ, προκειμένου να πάρουν εξιτήριο θα έπρεπε να έχουν περάσει άνω των 10 ημερών από την εμφάνιση των συμπτωμάτων και τουλάχιστον 3 ημέρες χωρίς καθόλου συμπτώματα. Σε όλες τις περιπτώσεις, δεν έδωσαν θετική καλλιέργεια του ιού μετά το εξιτήριο, πράγμα που σημαίνει ότι είτε το ιικό φορτίο ήταν πολύ μικρό, είτε ότι ο ιός ήταν νεκρός [7].
Σε άλλη έρευνα, από την Κίνα, από 13 ασθενείς που έλαβαν εξιτήριο από το νοσοκομείο της επαρχίας Guangdong και συνέχισαν να δίνουν θετική PCR, δεν εμφανίσθηκε ούτε μία περίπτωση μόλυνσης από Covid-19 μεταξύ 104 στενών επαφών και συγγενών των αρχικών ασθενών [8].
Επίσης, δεν εμφανίσθηκε ούτε ένα μέλος οικογένειας τεσσάρων ασθενών που ανάρρωσαν από την Covid-19 και πήραν εξιτήριο από το Νοσοκομείο Zhongnan της Wuhan, που να μολύνθηκε κατά τη διάρκεια του χρόνου κατά τον οποίον οι ασθενείς συνέχισαν να δίνουν θετική PCR [9]. Όλα τα επιστημονικά δεδομένα, μέχρι στιγμής, δείχνουν ότι τα άτομα με θετική PCR, μετά την ανάρρωσή τους, δεν είναι μολυσματικά.
Μετά από αυτά, θα περίμενε κανείς ότι οι διεθνείς ή οι κρατικοί φορείς δημόσιας υγείας θα είχαν καθορίσει ένα Ct, που μπορεί να διακρίνει το πραγματικά θετικό τεστ PCR, έναντι του πλασματικού θετικού αποτελέσματος. Εντούτοις, κάτι τέτοιο δεν έχει συμβεί. Απεναντίας, η αμερικανική FDA απέστειλε με email δήλωση ότι δεν προτίθεται να καθορίσει ένα Ct που να έχει νόημα, για τον καθορισμό των πραγματικά θετικών, αλλά συνέστησε «οι κατασκευαστές εμπορικών τεστ και τα διαγνωστικά εργαστήρια να καθορίσουν ο καθένας δικό του Ct» [4].
Και ποιο θα ήταν ένα σωστό Ct, που θα έδινε έγκυρα θετικά αποτελέσματα; Η απάντηση σε αυτό το ερώτημα είναι πολύ απλή όσο και αποστομωτική: Ουδείς γνωρίζει!
Όπως σημειώνει το ρεπορτάζ των NY Times, τα περισσότερα αποτελέσματα που δίδονται αυτήν τη στιγμή έχουν ως κατώφλι ανίχνευσης τους 40 και λιγότερα τους 37 κύκλους διπλασιασμού. Όμως οι επιστημονικές γνώμες διίστανται έντονα σε αυτό το θέμα. Η Juliet Morrison, ιολόγος του πανεπιστημίου Riverside της Καλιφόρνιας, δήλωσε ότι οποιοδήποτε κατώφλι ανίχνευσης ανώτερο των 35 κύκλων διπλασιασμού δίνει υπερβολικά μεγάλη ευαισθησία. «Είμαι σοκαρισμένη από το γεγονός ότι τόσοι πολλοί πιστεύουν πως 40 κύκλοι διπλασιασμού δίνουν πραγματικό θετικό αποτέλεσμα» πρόσθεσε [4].
Ο Dr Michael Mina, επίκουρος καθηγητής επιδημιολογίας στη σχολή T. H. Chan του Χάρβαρντ, θεωρεί ότι οποιοδήποτε κατώφλι ανίχνευσης μεταξύ 30 και 35 κύκλων διπλασιασμού θα ήταν πολύ πιο εύλογο. Ο ίδιος, πάντως, δήλωσε ότι θα έθετε το κατώφλι στο 30 ή και ακόμη χαμηλότερα.
Το κρατικό εργαστήριο της πολιτείας της Βόρειας Καρολίνας, χρησιμοποιεί το Thermo Fisher coronavirus test, το οποίο δίνει αυτομάτως θετικό αποτέλεσμα στους 37 κύκλους διπλασιασμού. Εκπρόσωπος του εργαστηρίου δήλωσε στους NY Times ότι ακόμη και οι εργαζόμενοι που πραγματοποιούν τα τεστ δεν έχουν πρόσβαση στις ακριβείς τιμές του Ct.
Οι υπολογισμοί του αμερικανικού CDC υποδηλώνουν ότι είναι εξαιρετικά δύσκολο να ανιχνευθεί «ζωντανός» ιός σε δείγμα που ξεπέρασε τους 33 κύκλους πριν θετικοποιηθεί [5]. Εκπρόσωπος του CDC δήλωσε ότι μόλις τώρα εξετάζουν το να λαμβάνεται υπόψιν η χρήση της παραμέτρου Ct για τη λήψη αποφάσεων για περιοριστικά μέτρα και ότι θα πρέπει να υπάρξει συνεννόηση με την FDA και με τις εταιρείες παραγωγής PCR τεστ προκειμένου να γίνει κάτι τέτοιο. Εντούτοις, όπως δήλωσε ο Dr Mina, η FDA δεν επιτρέπει να δίνονται στους κλινικούς ιατρούς οι τιμές του Ct, μαζί με τα θετικά αποτελέσματα [10]. Με άλλα λόγια, «ζήσε Μάη μου, να φας τριφύλλι», όπως σοφά λέει ο λαός.
Περί του ποιος είναι ο λόγος για τον οποίο μία επίσημη υπηρεσία των ΗΠΑ αρνείται να συνεργασθεί με μία άλλη, ώστε να διαλευκανθεί αυτό το διαγνωστικό κομφούζιο, μόνο υποθέσεις μπορούν να γίνουν, όλες πολιτικού και ουδόλως επιστημονικού χαρακτήρα. Πάντως, όπως δήλωσε και πάλι ο Dr Mina, εξ αυτής της εξαιρετικά θολής κατάστασης, εκατομμύρια άνθρωποι παγκοσμίως μπήκαν σε καραντίνα και υπέστησαν διαδικασίες ανίχνευσης επαφών, χωρίς κανέναν απολύτως λόγο [11].
Οι NY Times απευθύνθηκαν στο κρατικό εργαστήριο Wadsworth Center της Νέας Υόρκης, όπου οι αρμόδιοι έχουν πρόσβαση στις τιμές Ct των τεστ που έχουν πραγματοποιήσει, και τους ζήτησαν να αναλύσουν τα αποτελέσματά τους με γνώμονα αυτήν την παράμετρο. Κατά τον Ιούλιο του 2020, στο εργαστήριο ανευρέθηκαν 872 θετικά αποτελέσματα, με κατώφλι ανίχνευσης τους 40 κύκλους διπλασιασμού. Εάν αντί για το 40, τίθετο ως κατώφλι το 35, τότε 43% των θετικών αποτελεσμάτων θα έβγαιναν αρνητικά, ενώ αν τίθετο ως κατώφλι το 30, αρνητικά θα έβγαιναν περίπου 63% των θετικών αποτελεσμάτων! Αντίστοιχα, στη Μασαχουσέτη, 85-90% των θετικών αποτελεσμάτων με 40 κύκλους ανίχνευσης, θα έβγαιναν αρνητικά με 30 κύκλους [4]. Τελικά, πάντως, δεν υπάρχει μέχρι στιγμής μία σαφής απάντηση, αν η εξέταση δίνει έγκυρα θετικά αποτελέσματα με 30, 33, 35, 37 ή 40 κύκλους!
Και βέβαια, μετά το αποκαλυπτικό αυτό ρεπορτάζ των NY Times, οι ειδικοί άρχισαν ένας ένας να πέφτουν από τα σύννεφα, κάτι που, όπως φαίνεται, δεν αποτελεί ελληνική πατέντα. Ο Dr. Ashish Jha, διευθυντής του Ινστιτούτου Παγκόσμιας Υγείας του Χάρβαρντ δήλωσε: «Έχω σοκαρισθεί που το ποσοστό θετικών αποτελεσμάτων με τόσο υψηλό Ct είναι τόσο μεγάλο. Φίλε μου, αυτό αλλάζει ριζικά τον τρόπο με τον οποίο πρέπει να αντιμετωπίζουμε την εξέταση. Μόλις τώρα συνειδητοποιώ πως ένα σημαντικό μέρος του προβλήματος είναι ότι δεν εξετάζουμε καν αυτούς που έχουν ανάγκη εξέτασης».
Ο Scott Becker, εκτελεστικός διευθυντής της Ένωσης Εργαστηρίων Δημόσιας Υγείας των ΗΠΑ, δήλωσε ότι ο αριθμός των ανθρώπων με θετικά αποτελέσματα, που όμως δεν είναι μολυσματικοί, είναι ιδιαίτερα ανησυχητικός και πρόσθεσε ότι ο οργανισμός που διοικεί σκοπεύει να έλθει σε επαφή με τον Dr. Mina, για να συζητήσουν το ζήτημα («να μαζευτούμε τέσσερα πέντε άτομα, να κάνουμε μια τριμελή επιτροπή», όπως είχε πει ο μέγιστος Νίκος Βαμβακούλας – συγχωρήστε τον λαϊκισμό μου, όμως πλέον γελάμε για να μην κλαίμε).
Από την άλλη πλευρά, η FDA σημειώνει ότι τα άτομα με χαμηλό ιικό φορτίο μπορεί απλώς να βρίσκονται στην αρχή της λοίμωξης, να είναι δηλαδή προ-συμπτωματικοί, οπότε ένα τεστ με μικρότερη ευαισθησία θα έχανε αυτές τις περιπτώσεις. Εντούτοις, όπως πολύ σωστά αντιτείνει ο Dr. Mina, η λύση σε αυτό το θέμα είναι πολύ απλή: Επανάληψη της εξέτασης 6-15 ώρες αργότερα ή όποτε άλλοτε κριθεί πρόσφορο. Στην ενεργό λοίμωξη, είναι τόσο ταχύς ο πολλαπλασιασμός του ιού, που σύντομα το ιικό φορτίο θα δώσει θετικό αποτέλεσμα ακόμη και με λιγότερους από 30 κύκλους αντιγραφής.
Σύνοψη – Συμπεράσματα:
Είμαι βέβαιος ότι όποιος κατάφερε να διαβάσει μέχρι εδώ θα νιώθει πλήρη απογοήτευση, όπως και ο γράφων, από το χαμηλό επιστημονικό επίπεδο, την ερασιτεχνική προχειρότητα και το απίστευτο κομφούζιο που περιστρέφεται γύρω από την κύρια εξέταση ανίχνευσης του κοροναϊού της Covid-19, βάσει του οποίου, ωστόσο, λήφθηκαν αποφάσεις που επηρέασαν τις ζωές εκατομμυρίων ανθρώπων σε όλον τον πλανήτη. Θα μπορούσε κανείς να πει ότι οι διεθνείς οργανισμοί και η «επιστημονική κοινότητα» (την οποία όποιος τολμήσει να αμφισβητήσει, στο εξής θα έρχεται αντιμέτωπος με τον εισαγγελέα, με βαρύτατες κατηγορίες) εκμεταλλεύθηκαν το καλό όνομα που έχει γενικά η PCR και οι άλλες μοριακές τεχνικές, για να παρουσιάσουν ένα απαράδεκτα χαμηλής ποιότητας τεστ για τον κοροναϊό.
Για κάθε διαφορετικό παθογόνο, η αξιολόγηση της εξέτασης θα πρέπει να γίνεται εξαρχής, πράγμα που, σε αυτήν την περίπτωση, δεν συνέβη επί τόσους μήνες. Η Κλινική Ευαισθησία του τεστ δεν ελέγχθηκε καθόλου, σύμφωνα με τα συνήθη πρωτόκολλα, και το ποσοστό των ψευδώς αρνητικών αποτελεσμάτων είναι τόσο υψηλό, που καθιστά την εξέταση ακατάλληλη για επιδημιολογική μελέτη και ανίχνευση της διάδοσης του ιού στην κοινότητα.
Επίσης, δεν διεξήχθη καμία μελέτη για τον καθορισμό ενός εύλογου κατωφλιού ανίχνευσης Ct, ώστε το θετικό αποτέλεσμα να αντιπροσωπεύει ζωντανό ιό και μολυσματικό ασθενή, αντί για μία «σούπα» που περιέχει ασυμπτωματικούς, προ-συμπτωματικούς και αποθεραπευθέντες αδιακρίτως. Τουναντίον, και παρά τις εκκλήσεις και τους υπολογισμούς του CDC, η FDA αρνείται πεισματικά να δεχθεί τον καθορισμό ενός εύλογου κατωφλιού ανίχνευσης, Ct, για να ξεδιαλύνει την κατάσταση.
Αυτά σημαίνουν ότι, στην πραγματικότητα, το αποτέλεσμα της PCR για την Covid-19, θετικό ή αρνητικό, έχει πολύ μικρή διαγνωστική αξία και ότι όλος ο επιδημιολογικός σχεδιασμός αντιμετώπισης της πανδημίας στηρίζεται σε σαθρά θεμέλια κάκιστης επιστήμης. Πρόκειται για το μεγαλύτερο επιστημονικό φιάσκο του 21ου αιώνα, το οποίο δύσκολα, ελπίζουμε, θα ξεπερασθεί μέχρι το τέλος του αιώνα, παρότι μόλις συμπληρώσαμε τη δεύτερή του δεκαετία.
Και τώρα τι κάνουμε;
Μία επιστημονική εξέλιξη που δίνει ελπίδες ώστε να ξεπερασθεί αυτή η, ντροπιαστική για την Επιστήμη, κατάσταση, είναι το Rapid Test, που πρόσφατα άρχισε να χρησιμοποιείται και στη χώρα μας. Όμως τι ακριβώς είναι αυτό; Πρόκειται για τεστ που διαθέτει ειδικά αντισώματα έναντι του κοροναϊού της Covid-19, τα οποία δεσμεύουν και ανιχνεύουν συγκεκριμένες πρωτεΐνες του ιού, που ονομάζονται αντιγόνα.
Πρόκειται για ένα κλασικό τεστ διαλογής (screening test), πολλά εκ των οποίων έχουν χρησιμοποιηθεί στο παρελθόν, επιλύοντας δύσκολα διαγνωστικά προβλήματα σε πληθυσμιακό επίπεδο. Ένα τέτοιο, γνωστό σε όλους, τεστ διαλογής είναι το περίφημο Μαντού για τη φυματίωση. Τα τεστ αυτά είναι φθηνά και γρήγορα, δεν απαιτούν σημαντικό μηχανολογικό εξοπλισμό ή ιδιαίτερα εξειδικευμένο προσωπικό και, ως εκ τούτου, είναι κατάλληλα για μαζικές εξετάσεις στον πληθυσμό.
Όπως όλα τα τεστ διαλογής, έτσι και αυτό για την Covid-19, διαθέτει πολύ υψηλή ευαισθησία, δηλαδή είναι ικανό να ανιχνεύσει και ελάχιστη ποσότητα ιικών αντιγόνων στο κλινικό δείγμα. Δηλαδή, το Rapid Test έχει υψηλή αξία αρνητικού αποτελέσματος. Με άλλα λόγια, όταν εξετασθείς με αυτό και βγεις αρνητικός, οι πιθανότητες είναι συντριπτικές υπέρ του να είσαι πράγματι αρνητικός.
Ωστόσο, το τεστ διαθέτει χαμηλή ειδικότητα, δηλαδή ανιχνεύει όχι μόνο τα αντιγόνα του ιού, αλλά και άλλες συγγενικές ή ανθρώπινες πρωτεΐνες, που απλώς μοιάζουν μορφολογικά με αυτά. Αυτό σημαίνει, αντίστοιχα, ότι το Rapid Test έχει χαμηλή αξία θετικού αποτελέσματος. Με απλά λόγια, αυτό σημαίνει ότι όταν βγεις θετικός δεν σημαίνει απαραίτητα ότι έχεις μολυνθεί από Covid-19 και θα πρέπει οπωσδήποτε να εξετασθείς εκ νέου με μία πιο ειδική μέθοδο. Στην περίπτωσή μας, αυτή η μέθοδος θα είναι η PCR, η οποία, όπως είδαμε, διαθέτει απόλυτη ή σχεδόν απόλυτη Αναλυτική και Κλινική Ειδικότητα. Έτσι, ο συνδυασμός αυτών των δύο εξετάσεων πιστεύεται ότι θα λύσει το διαγνωστικό πρόβλημα και θα ξεδιαλύνει την πυκνή ομίχλη που καλύπτει τη μέχρι τώρα διάγνωση και ανίχνευση της νόσου και του ιού.
Προσοχή: Εάν το Rapid Test δεν χρησιμοποιηθεί με τον τρόπο που αναφέρουμε, αλλά τα θετικά του αποτελέσματα προσμετρώνται αυθαίρετα ως «κρούσματα» η κατάσταση θα επιδεινωθεί ακόμη περισσότερο και η πανδημία θα «φουσκώσει» σαν το Χρηματιστήριο Αθηνών επί πρωθυπουργίας Σημίτη.
[Ενημέρωση, 10/02.2021]: Την εποχή που γράφηκε το αρχικό κείμενο, δεν ήταν γνωστά πολλά στοιχεία για το rapid test αντιγόνων, οπότε αξιοποιήσαμε τις παλαιότερες γνώσεις πάνω σε προηγούμενα screening tests που έχουμε χρησιμοποιήσει στην εργαστηριακή πράξη. Λίγο καιρό αργότερα, οι πρώτες αξιολογήσεις έδειξαν ότι τα πράγματα είναι αντίστροφα απ' ό,τι γράφουμε εδώ, με το τεστ αντιγόνων να παρουσιάζει υψηλή αναλυτική ειδικότητα και σχετικά χαμηλή αναλυτική ευαισθησία. Εντούτοις, αυτές οι έρευνες ποίκιλαν σε ποιότητα και διεξήχθησαν με παλαιότερα κλινικά δείγματα. Η απόδοση των τεστ αντιγόνων μπορεί να επηρεάζεται από το ιικό φορτίο ή τον χρόνο της δειγματοληψίας, σε σχέση με το στάδιο της λοίμωξης κατά το οποίο εξετάζεται ο ασθενής, όπως και από ποικιλότητα στην ίδια τη δειγματοληψία, περιορισμοί οι οποίοι ισχύουν και για την κλασική RT-PCR, την οποία περιγράψαμε παραπάνω. Μία σημαντική διαφορά, ωστόσο, του τεστ αντιγόνων από την RT-PCR είναι ότι, όπως έχουν δείξει κάποιες μελέτες, άτομα που παρουσιάζουν συμπτώματα άνω των 5 ημερών βγάζουν αρνητικό τεστ και δεν είναι ακριβώς γνωστό τι συμβαίνει με τους ασυμπτωματικούς. Γενικότερα, παραμένει αρκετή αβεβαιότητα σχετικά με την απόδοση του τεστ αντιγόνων στην κλινική πράξη, δηλαδή περί της κλινικής του ευαισθησίας και ειδικότητας. Επίσης, οι διαφορές μεταξύ των τεστ διαφορετικών εταιρειών δεν επιτρέπουν πάντοτε την επέκταση των συμπερασμάτων της έρευνας για ένα απο αυτά, στα υπόλοιπα. Η κατάσταση αναμένεται να ξεκαθαρίσει όταν δημοσιευθούν τα αποτελέσματα κάποιων τυχαιοποιημένων και ελεγχόμενων κλινικών δοκιμών που αυτή τη στιγμή ακόμη διεξάγονται [13].
Ο Κωστής Ανετάκης είναι βιολόγος, με μεταπτυχιακό στη Νανοτεχνολογία και διδακτορικό στην Ιατρική. Εργάζεται ως Ακαδημαϊκός Υπότροφος στο τμήμα Βιοϊατρικών Επιστημών του ΔΙΠΑΕ στη Θεσσαλονίκη, διδάσκοντας εργαστηριακές ασκήσεις Ιολογίας και Κλινικής Χημείας στους φοιτητές. Πρόσφατα, επιμελήθηκε τη μετάφραση του βιβλίου ιολογίας Introduction to Modern Virology των N. J. Dimmock, A. J. Easton και K. N. Leppard, για λογαριασμό του εκδοτικού οίκου University Press, το οποίο θα διατεθεί στα πανεπιστημιακά τμήματα Βιοϊατρικών Επιστημών Αθήνας και Θεσσαλονίκης ως διδακτικό σύγγραμμα, από το ακαδημαϊκό έτος 2020-21.
Παραπομπές:
[1] ACCELERATED EMERGENCY USE AUTHORIZATION (EUA) SUMMARY
COVID-19 RT-PCR TEST (LABORATORY CORPORATION OF AMERICA) https://www.fda.gov/media/136151/download
[2] Steven Woloshin, Neeraj Patel, and Aaron S. Kesselheim, False Negative Tests for SARS-CoV-2 Infection — Challenges and Implications, The New England Journal of Medicine, June 5 2020 https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMp2015897
[3] Yishan Wang, Hanyujie Kang, Xuefeng Liu,corresponding and Zhaohui Tong, Combination of RT‐qPCR testing and clinical features for diagnosis of COVID‐19 facilitates management of SARS‐CoV‐2 outbreak. J Med Virol. 2020 Mar 11. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7233289/
[4] Your Coronavirus Test Is Positive. Maybe It Shouldn’t Be. https://www.nytimes.com/2020/08/29/health/coronavirus-testing.html
[5] Duration of Isolation and Precautions for Adults with COVID-19. https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/hcp/duration-isolation.html
[6] SARS-CoV-2 shedding and infectivity. https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30868-0/fulltext
[7] Ranawaka A.P.M. Perera, Eugene Tso, Owen T.Y. Tsang, Dominic N.C. Tsang, Kitty Fung, Yonna W.Y. Leung, Alex W.H. Chin, Daniel K.W. Chu, Samuel M.S. Cheng, Leo L.M. Poon, Vivien W.M. Chuang, and Malik Peiris. SARS-CoV-2 Virus Culture and Subgenomic RNA for Respiratory Specimens from Patients with Mild Coronavirus Disease. EID Journal, Volume 26, Number 11—November 2020. https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/26/11/20-3219_article
[8] Hanyujie Kang, Yishan Wang, Zhaohui Tong, and Xuefeng Liu. Retest positive for SARS‐CoV‐2 RNA of “recovered” patients with COVID‐19: Persistence, sampling issues, or re‐infection? J Med Virol. 2020 Jun 9. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7300489/#jmv26114-bib-0013
[9] Lan Lan, Dan Xu, Guangming Ye, Chen Xia, Shaokang Wang, Yirong Li, and Haibo Xu. Positive RT-PCR Test Results in Patients Recovered From COVID-19. JAMA. 2020 Apr 21; 323(15): 1502–1503.
[10] Michael Mina - The neglected CT (Cycle Threshold) levels to determine viral load and infectiousness. https://www.youtube.com/watch?v=oxoE47qT3fE&fbclid=IwAR2qdrTricQeZXfjANjteF2ISc2RFLiIBFVRb0-PR9GM7V7HE6pYtmGmvLE
[11] Michael Mina - Millions of people are being quarantined and contact traced for no reason. https://www.youtube.com/watch?v=V-noluNNBEc&feature=youtu.be&fbclid=IwAR20RwOtwaH_2cCo5xbrQi3BmGAtpBqJCdKGMWY-x2Fgc7Zgxl8p1cNQ9hs
[12] GeneXpert Dx, XPRSARS-COV2-10, Instructions for use. https://www.fda.gov/media/136314/download
[13] COVID-19 Real Time Learning Network: Rapid Testing. https://www.idsociety.org/covid-19-real-time-learning-network/diagnostics/rapid-testing/
Σχόλια